Исследовательская работа ученых института направлена на создание новых сортов овощных, бахчевых культур и картофеля, семеноводство, разработку технологии их возделывания и способов получения экологической чистой продукции, защиту растений от болезней и вредителей, внедрение достижений науки в производство.
В структуру института входят лаборатории — селекции овощных и бахчевых культур, семеноводства овощных и бахчевых культур, селекции и семеноводства картофеля, технологии возделывания овощных, бахчевых культур и картофеля, защищенного грунта, защиты растений, агрохимии и качества.
В областях исследовательскую работу проводят Андижанский, Кашкадарьинский, Самаркандский, Сырдарьинский, Сурхандарьинский и Хорезмский научно опытные станции.
Институт ведет исследования в следующих направлениях:
В институте создано более 170 сортов и гибридов овощных, бахчевых культур и картофеля. В том числе созданы сорта томата для открытого грунта и для теплиц, сладкого перца, огурца, капусты, лука, баклажана, редиса, столовой свеклы, чеснока, репы, дайкона, редьки, патиссона, салата, петрушки, кориандр, сельдерея, укропа, шпината, кабачка, арбуза, дыни, тыквы и картофеля.